Perhimpunan Vincentius Jakarta didirikan pada tanggal 29 Agustus 1855 dengan nama Dana Bantuan Santo Vincentius a Paulo di Batavia (pada tahun 1909 diubah menjadi Batavia's Vereeniging) oleh beberapa orang Katolik seperti Mgr. PM. Vrancken (Vikaris Apostolik Djakarta), Pastor Van der Grinten (Notaris JR. Klein, PA Toillez dan E. Van Polanen Petel). Notaris J.R. Kleijn yang menyiapkan akta pendirian dan memperoleh pengakuan dari pemerintah (1856), menjadi presiden pertama (1856-1859). Tujuan utama saat itu adalah membantu anak-anak keturunan Belanda (Indo-Eropa) yang menjadi masalah sosial di masyarakat. Usaha sosial ini awalnya lebih bersifat home-care, karena Perhimpunan Vincentius Jakarta belum memiliki rumah.
Pada bulan April 1862 barulah diperoleh sebuah rumah sewa di Bazaar Baroe (sekarang Pasar Baru) yang hanya mampu menampung sekitar 25 anak puteri. Pada bulan April 1864 karena kekurangan biaya, masa sewa rumah tersebut tidak dapat diperpanjang. Syukurlah para Suster Ursulin bersedia menampung mereka di Biara Ursulin. Akhirnya pada tahun 1885 didirikan rumah khusus di Jalan Pos untuk menampung anak-anak itu. Bulan Nopember 1893 diperoleh rumah di Gang Kurni (sekarang jalan Kwini), yang menampung 29 anak putera yang diasuh oleh para Pastor Jesuit (SJ).
Baru pada tahun 1910 sebuah rumah bisa dibangun di Jalan Kramat Raya No.134 Jakarta. Inilah permulaan berdirinya Kompleks Kramat Raya seperti sekarang ini. Maka mulailah anak-anak puteri maupun anak-anak putera dari kedua rumah terdahulu menempati rumah milik sendiri. Para Suster Ursulin yang telah mengurus mereka selama 46 tahun, ikut pindah ke Kramat Raya. Sesudah itu jumlah anak-anak bertambah terus.
Tahun 1929 tugas para Pastor Jesuit dalam hal pendidikan anak-anak putera dialihkan kepada para Pastor Fransiskan (OFM) hingga sekarang. Bulan Oktober 1939, setelah berkarya di Kramat selama 28 tahun, para Suster Ursulin akhirnya pindah ke Bidaracina. 300 anak puteri bersama dengan 12 suster pindah dari kompleks Kramat ke rumah baru di Jalan Otto Iskandardinata 76, yang kini dikenal dengan nama Panti Asuhan Vincentius Puteri. Sedangkan anak putera tetap menempati kompleks Kramat, kini disebut Panti Asuhan Vincentius Putera.
Tahun 1942-1945 keadaan menjadi kacau karena dalam masa penjajahan Jepang, para Pimpinan Panti, baik Pastor, Bruder maupun Suster Belanda masuk ke kamp-kamp tahanan. Sedangkan perumahannya digunakan oleh serdadu Jepang sebagai markas. Sementara anak-anak asuh dititipkan di Biara Ursulin dan diasuh oleh Suster-Suster Ursulin.
Atas permintaan Pemerintah Indonesia, pada tanggal 30 Juni 1947 Perhimpunan Vincentius Jakarta mendirikan Panti Asuhan Desa Putera. Tujuannya untuk menampung anak-anak terlantar dan anak-anak gelandangan korban perang kemerdekaan. Panti ini dipercayakan kepada Bruder Budi Mulia (BM) dan menempati rumah di kompleks Srengseng Sawah, Pasar Minggu.
Batavia's Vincentius Vereeniging secara resmi diubah menjadi Perhimpunan Vincentius Jakarta pada tanggal 31 Maret 1950. Sejak itu Panti Asuhan Vincentius memberi prioritas pelayanan kepada anak-anak yatim piatu dan terlantar, setelah itu barulah anak-anak yatim atau piatu maupun anak-anak dari keluarga broken home serta penyandang masalah sosial lainnya (anak dari keluarga retak/miskin/sakit).
Tahun 1972 Perhimpunan Vincentius Jakarta mendirikan rumah panti keempat, yakni Panti Asuhan Pondok Si Boncel di Jalan Raden Saleh Raya No.7. Panti ini khusus menampung anak-anak balita (bawah lima tahun). Pengelolaannya dipercayakan kepada para Suster Dominikanes (OP). Dengan semakin bertambahnya jumlah anak asuh dan terbatasnya daya tampung panti, maka pada tanggal 1 April 1981 Panti Asuhan Pondok Si Boncel pindah ke kompleks baru di Srengseng Sawah Pasar Minggu, yang lebih luas serta memadai.
Berikut nama-nama Ketua Pengurus yang pernah berkarya pada Perhimpunan Vincentius Jakarta:
| Tahun 1958-1971 | : DC. Inkiriwang |
| Tahun 1971-1981 | : Drs. AR. Abdisa |
| Tahun 1981-1983 | : DC. Inkiriwang |
| Tahun 1983-1984 | : Drs. AR. Abdisa |
| Tahun 1984-1992 | : AH. Trisnadi |
| Tahun 1992-2001 | : Ir. PA. Sumardiman |
| Tahun 2001-2008 | : Paulus Tjahjono |
| Tahun 2008-2016 | : Yul Hendarto |
| Tahun 2016-sekarang | : Taufik Hidayat Linggadjaja |