Vikaris Apostolik Batavia ke-2, yaitu Mgr. Petrus M. Vrancken menyadari bahwa banyak muda-mudi Katolik tidak mendapat pelajaran umum dan pendidikan Katolik. Keadaan ini sangat menghalangi tumbuhnya umat Katolik yang bermutu dalam masyarakat Indo-Belanda yang sangat liberal dan hidup keagamaannya rendah sekali. Perlu pembaharuan dan usaha tambahan.
Sudah lama Mgr. Vrancken surat-menyurat dengan Suster Ursulin di Sittard (Belanda) dan mengundang mereka untuk memulai pendidikan puteri di Batavia yang pada masa itu hampir tidak ada. Pada 1 Agustus 1856 sekolah Ursulin pertama dibuka di Nordwijk, kini Jl. Juanda di seberang Istana Negara. Setahun sebelumnya, Pater H. van der Grinten, pastor kepala Katedral telah mengundang beberapa tokoh awam untuk mendirikan Vereeniging van de H. Vincentius a Paulo (Yayasan S. Vincentius dari Paul) guna memelihara semangat cinta kasih dengan mengamalkan tugas-tugas Kristiani dan perbuatan amal
Mula-mula semua berjalan serba sederhana, karena kekurangan fasilitas dan anak sungguh membutuhkan bantuan, maka sebagian anak dititipkan pada keluarga Katolik yang diberi uang imbalan jika perlu. Baru pada 1 April 1862 disewa sebuah rumah untuk anak-anak perempuan di Bazaar Baroe (sekarang Pasar Baru) yang ditempati 25 anak. Belum dua tahun berlangsung uang tidak ada lagi. Waktu penempatan anak puteri dalam beberapa keluarga Katolik sedang direncanakan, Suster Ursulin (OSU) menawarkan jalan keluar: para Suster menerima 24 anak puteri di rumah mereka Kleine Klooster di Jl. Pos 2, kini Biara St. Ursula. Rumah ini pada tahun 1871 terbakar habis dan anak-anak terpaksa hidup di rumah-rumah bambu sampai pada 1885 dibangun rumah untuk 80 anak.
Pada tahun 1910 sebidang tanah luas di Jl. Kramat Raya 134 dibeli oleh Vincentius untuk membangun rumah penampungan anak. Disusul lima tahun kemudian dibuat bangunan yang lebih modern yang dirancang dan dibangun oleh Firma Hulswit-Fermon-Cuypers yang merancang dan mendirikan banyak gedung untuk Gereja. Bangunan baru itu menjadi asrama anak laki-laki, anak perempuan dipindahkan dari Jl. Pos bersama dengan delapan suster Ursulin ke Kramat dan tinggal di bagian belakang.
Pada tahun 1938 Gedung di Jl. Kramat semakin penuh dan sempit. Maka dibuka rumah baru yaitu Panti Asuhan Vincentius Puteri di Bidara Cina, kini Jl. Otto Iskandardinata 76. Gedung bagus ini dirancang oleh arsitek ternama Th. Van Oyen, yang juga merancang Gereja Theresia Menteng (1934). Para Ursulin ikut pindah (dengan meninggalkan masalah dapur bagi ratusan anak laki-laki di Jl. Kramat) dan langsung membuka TK, SD, dan SKP di tempat baru itu.
Berikut nama-nama Pimpinan Panti Asuhan Vincentius Puteri yang pernah berkarya pada Perhimpunan Vincentius Jakarta:
| Tahun 1955 – 1958 : | Sr. Modesta, OSU |
| Tahun 1958 – 1963 : | Sr. Julie Van Den Berg, OSU |
| Tahun 1963 – 1968 : | Sr. Agusta Poels, OSU |
| Tahun 1968 – 1970 : | Sr. Julie Van Den Aart, OSU |
| Tahun 1970 – 1975 : | Sr. Marie Marth Soomers, OSU |
| Tahun 1975 – 1980 : | Sr. Sri Sunarti, OSU |
| Tahun 1980 – 1993 : | Sr. Birgitta Brouwers, OSU |
| Tahun 1993 – 1997 : | Sr. Marganingsih, OSU |
| Tahun 1997 – 2000 : | Sr. Francine Rustandi, OSU |
| Tahun 2000 – 2005 : | Sr. Paulina Gani, OSU |
| Tahun 2005 – 2016 : | Sr. Maria Paul Siseng, OSU |
| Tahun 2016 – 2018 : | Sr. Lydia Soebardjo OSU |
| Tahun 2018 – 2021 : | Sr. Caecilia Marijanti OSU |
| Tahun 2021 – Sekarang : | Sr. Lili Bachtiar OSU |