Waktu Perang Dunia II berakhir banyak anak-anak yang menjadi korban dan terlantar hidupnya karena kehilangan orangtua dan saudara. Ribuan anak hidup dengan menggelandang, mengemis dan bergerombol.
Residen Batavia pada waktu itu Mr. J.E. Ysebart merasa prihatin dengan nasib mereka dan mendekati Mgr. Willekens (Vikaris Apostolik) agar umat Katolik dapat menolong. Pemerintah kota meminjamkan sebidang tanah beserta bangunan di atasnya di daerah Lenteng Agung, Jakarta Selatan yang dipakai untuk merawat orang sakit jiwa. Mgr. Willekens meminta agar Kongregasi Bruder Budi Mulia di Gunung Sahari dan Batavia's Vereeniging (Yayasan Vincentius) untuk menanggulangi masalah berat anak-anak terlantar ini.
Bruder-bruder Budi Mulia dengan cepat membangun rumah bambu dan memilih tenaga bantu, karena pada Juni 1947 sudah tiba 250 anak yang dikumpulkan dalam hunian Rustenburg (kini Cawang), di Rawa Badok dan Tanjungpriok.
Panti Asuhan Desa Putera didirikan pada tanggal 30 Juni 1947 dan pengelolaan Panti Asuhan ini dipercayakan sepenuhnya kepada Bruder Budi Mulia (BM).
Beberapa hari sesudahnya sebagian anak yang lebih besar melarikan diri. Mereka sudah besar dan terlatih, maka malam hari melarikan diri dengan membawa barang apa saja. Pada tahun-tahun pertama, dari seribu anak yang diterima, kurang lebih tujuh ratus keluar dengan diam-diam. Pada tahun 1951 sekitar 40 anak pada suatu malam menyerang ketiga Bruder, mengunci mereka di kantor, lalu kabur dengan membawa barang apa saja. Akhirnya secara perlahan-lahan anak yang hanya tahu bermain ini dilatih dan dibiasakan bekerja di bengkel kayu sederhana (1954; pada 1974 diperluas dengan bengkel besi dan latihan montir).
Bengkel kayu itu pada 1998 diganti dengan tempat pembuatan lilin indah. Penjilidan buku, peternakan sapi (1962-1985), kuda, itik dan ayam serta perkebunan kelapa dan ceruk menjadi tempat kesibukan dan pelatihan anak-anak. Anak yang pernah sekolah diberi kursus, supaya menjadi guru bagi yang lain. Bangku untuk sekolah dan peralatan lain dibuat di bengkel sendiri.
Pada akhir 1950 dibuka Sekolah Guru Bantu selama dua tahun sesudah SD, yang pada 1952 sudah menjadi SBG dengan 172 siswa, lalu pada 1960 menjadi SMP. Penerimaan anak jalanan dihentikan karena daya tampung terbatas, mutu pendidikan ditingkatkan, rumah bambu diganti bangunan batu, sekolah dilengkapi dengan Sekolah Rakyat (SR), SR Pertanian, SR Pertukangan dan kursus agama dibuka dengan kapel bagus yang didirikan di kompleks Desa Putera (1950). Kapel ini menjadi Stasi untuk umat Katolik yang tinggal di sekitarnya.
Karena banyak gedung terbakar pada 1963, maka dibangun kembali dengan yang lebih baik dan luas. Bengkel penjilidan berkembang menjadi percetakan sederhana dan dengan bantuan CEBEMO dan mesin cetak bekas dari Belanda ditingkatkan menjadi Sekolah Tehnik Menengah Grafika (1972).
Kini Desa Putera diakui sebagai Perguruan Grafika Terbaik dengan percetakan modern yang menghasilkan cetakan bermutu. Anak yang tidak mendapatkan pendidikan formal dilatih dalam Graphic Training Centre (1993). Usaha lain adalah klinik sederhana untuk anak-anak asrama (1956), yang kemudian menjadi poliklinik (1970) untuk umum juga, yang dikelola oleh yayasan Melania (1973; sejak 1992 oleh yayasan Budi Mulia) sebagai Balai Kesehatan Masyarakat dengan dokter dan perawat.
Berikut nama-nama Pimpinan Panti Asuhan Desa Putera yang pernah berkarya pada Perhimpunan Vincentius Jakarta:
| Tahun 1947–1952 : | Br. Corbianus, BM |
| Tahun 1952–1956 : | Br. Theodore, BM |
| Tahun 1956– 1961 : | Br. Nerius V. Raay, BM |
| Tahun 1961– 1963 : | Br. Werenfried Barning, BM |
| Tahun 1963– 1964 : | Br. Nerius V. Raay, BM |
| Tahun 1964– 1967 : | Br. Guido Hilhorst, BM |
| Tahun 1967– 1968 : | Br. Dagobert Vlej, BM |
| Tahun 1968– 1975 : | Br. Ernes Olde Scheper, BM |
| Tahun 1975– 1977 : | Br. Olav van Woggelum, BM |
| Tahun 1977– 1989 : | Br. Frans de Koning, BM |
| Tahun 1989–1993 : | Br. Frumentius Ginting, BM |
| Tahun 1993– 1997 : | Br. Kristian Lamongi, BM |
| Tahun 1997– 2001 : | Br. Yusup Tanudjaya, BM |
| Tahun 2001– 2004 : | Br. Tarcisius Kasino, BM |
| Tahun 2004– 2008 : | Br. Damasus Supatmo, BM |
| Tahun 2008– 2022 : | Br. Tarcisius Kasino, BM |
| Tahun 2008–sekarang : | Br. Herman BM |