Panti Asuhan Pondok Si Boncel didirikan untuk mengurus secara khusus anak-anak yatim piatu yang masih di bawah umur 7 (tujuh) tahun.
Pada awalnya Panti Asuhan Pondok Si Boncel didirikan di Jl. Raden Saleh Raya No. 7 pada tahun 1972, namun karena terbatasnya daya tampung panti maka pada tanggal 1 April 1981 Panti Asuhan Pondok Si Boncel pindah ke kompleks baru di Srengseng Sawah Pasar Minggu. Pengelolaan Panti ini dipercayakan sepenuhnya kepada Suster-Suster Dominikanes (OP).
Para Suster tidak hanya merawat dan mendampingi anak-anak tersebut, akan tetapi juga perduli terhadap pendidikan yang harus diperoleh anak-anak khususnya pendidikan formal tingkat awal atau dasar yaitu Taman Kanak Kanak.
Sebagai langkah awal Panti Asuhan Pondok Si Boncel memberikan pelajaran dan kegiatan seperti Taman Kanak-Kanak pada umumnya. Kegiatan ini dilakukan di salah satu ruangan Panti Asuhan di mana anak-anak biasa bermain jika hari hujan, karena pengadaan Taman Kanak Kanak di Panti Asuhan Pondok Si Boncel terbentur masalah dana.
Sedikit demi sedikit dana terkumpul dari berbagai pihak yang perduli terhadap Pendidikan anak-anak panti, maka pada tahun 1983 TK Si Boncel didirikan khusus untuk menampung anak-anak panti dan pada tanggal 15 Juli 1985 TK Si Boncel resmi menerima anak-anak dari luar panti.
Berikut nama-nama Pimpinan Panti Asuhan Pondok Si Boncel yang pernah berkarya pada Perhimpunan Vincentius Jakarta:
| Tahun 1972 - 1978 | : Sr. M. Engelina Hendriksen OP |
| Tahun 1978 - 1998 | : Sr. M. Angelica Amirin OP |
| Tahun 1998 - 2002 | : Sr. M. Immaculata OP |
| Tahun 2002 - 2007 | : Sr. M. Christiana OP |
| Tahun 2007 - 2008 | : Sr. M. Philomina OP |
| Tahun 2008 - 2010 | : Sr. M. Selestina Raben OP |
| Tahun 2010 - 2014 | : Sr. M. Philomina OP |
| Tahun 2014 - 2020 | : Sr. M. Thomasine OP |
| Tahun 2020 - Sekarang | : Sr. M. Lusia OP |