Berdirinya Taman Kanak Kanak (TKK) Boncel diawali dengan keinginan para suster dan ibu-ibu pengasuh dalam mendampingi anak-anak yang dipercayakan kepada mereka terutama di bidang pendidikan khususnya pendidikan formal.
Berkaitan dengan tempat pendidikan formal tidak terlepas dengan masalah dana. Dua alternatif yang muncul waktu itu adalah jika anak-anak yang termasuk usia sekolah disekolahkan di luar panti maka biaya yang dikeluarkan akan cukup besar. Selain biaya SPP, administrasi, seragam, juga transport yang tentunya membuat pengeluaran rutin menjadi besar. Oleh sebab itu usaha untuk mendirikan TK Si Boncel semakin kuat dengan pertimbangan-pertimbangan di atas.
Sebagai langkah awal Panti Asuhan Pondok Si Boncel memberikan pelajaran dan kegiatan seperti Taman Kanak-Kanak pada umumnya. Kegiatan ini dilakukan di salah satu ruangan Panti Asuhan di mana anak-anak biasa bermain jika hari hujan. Selanjutnya usaha untuk mencari dana terus dilakukan dan sedikit demi sedikit dana tersebut terkumpul dari berbagai pihak yang menaruh perhatian terhadap pendidikan anak-anak Panti Asuhan Pondok Si Boncel.
Pada tahun 1983 TK Boncel didirikan khusus untuk menampung anak-anak panti. Saat itu Suster Angelica OP menjabat sebagai pimpinan Panti Asuhan Pondok Si Boncel dan juga merupakan Kepala Sekolah TK Boncel. Seiring dengan perkembangan zaman dan kebutuhan pendidikan masyarakat sekitar maka pada tanggal 15 Juli 1985 TK Boncel resmi menerima anak-anak dari luar panti.
Saat ini TK Boncel dapat menampung lebih dari 150 (seratus lima puluh) anak didik, yang terdiri dari kelas A, B dan Kelompok Bermain Terpimpin (KBT). TK Boncel juga dilengkapi dengan fasilitas komputer dengan maksud untuk memperkenalkan anak-anak pada teknologi komputer. Saat ini terdapat 20 (dua puluh) karyawan di TK Boncel termasuk para guru.
Berikut nama-nama Kepala Sekolah TKK Boncel yang pernah berkarya pada Perhimpunan Vincentius Jakarta:
| Tahun 1985 – 1986 : | Sr. M. Angelica OP |
| Tahun 1986 – 1987 : | Sr. M. Yoanita OP |
| Tahun 1987 : | Sr. M. Chricentia OP |
| Tahun 1987 – 1997 : | Sr. M. Hildegardis Afra, OP |
| Tahun 1997 – 2005 : | Sr. M. Hermine OP |
| Tahun 2005 – 2008 : | Sr. M. Luisi Sumarini OP |
| Tahun 2008 –2011 : | Sr. M. Florentine Sylvia OP |
| Tahun 2011 – 2019 : | Sr. M. Hildegardis Afra, OP |
| Tahun 2019 – Sekarang : | Sr. M. Theresiana Suyani OP |